６月２日早晨，福田河田面社区河段水面浮起大量死鱼，有关部门怀疑是有人偷排污水所致，此事引起深圳市有关部门高度重视，市长许宗衡亲自作了批示，市环保局在事发后也组织人员开展调查，发现高温大雨和农药超标是造成此次大量鱼类死亡的罪魁祸首。

６月２日，福田河田面社区河段几百米的河道水面上，一片片死鱼漂浮在水面上，多数死鱼约有１０厘米左右，估计至少上千条。而在一个多月前的４月３日，福田河也曾出现过大面积鱼类死亡的情况。导致鱼类大量死亡的原因当时并不清楚，是否是偷排污水所致需进一步调查。

环保部门经过采样监测发现，当时现场监测水温２９℃，而气候闷热可以使得水体溶解氧含量降低，鱼类很容易出现缺氧死亡，今年４月３日福田河突现大量死鱼事件时，也伴有天气异常情况。

此外，环保部门监测发现河水中敌敌畏和乐果等农药指标超标严重，福田河田面村河段敌敌畏超标６倍，乐果超标１倍，环保部门认为，农作物上的农药经大雨冲洗后大量进入河道，造成农药超标，这也是引起鱼类死亡的原因之一。